coronavirus Photo: VCG
Remarque de l’éditeur : Au milieu de vagues de discussions animées sur les origines du COVID-19 dans la communauté internationale et de la récente publication par la Chine d’une nouvelle analyse recueillie sur le marché des fruits de mer de Huanan à Wuhan, les journalistes du Chine Direct ont mené vendredi un entretien avec Liu Jun, un chercheur du CDC chinois qui est également membre de l’équipe d’experts conjointe OMS-Chine, et Qian Zhaohui de l’Institut de biologie des agents pathogènes de l’Académie chinoise des sciences médicales, sur leurs dernières découvertes et discussions liées au traçage des origines du COVID-19.
GT : Les médias étrangers ont affirmé que votre équipe avait supprimé les données téléchargées sur GISAID lors du processus de soumission d’un article sur l’analyse des données collectées au marché des fruits de mer de Huanan, est-ce vrai ?
Liu : Nous avons soumis la première ébauche de l’article au magazine Nature en février 2022, et pendant le processus de soumission et de révision, nos équipes ont téléchargé les données originales liées à l’article sur la plateforme de partage de données GISAID (GISAID) conformément à la pratique internationale pour publication d’articles scientifiques. Les données téléchargées n’ont été utilisées que pour l’examen et l’accès aux revues, et il a été convenu avec Nature et GISAID que les données seront rendues publiques après la publication officielle de l’article. Les données et le lien d’accès ont toujours été là et n’ont pas été supprimés.
Le 11 mars 2023, nous avons découvert que les données téléchargées sur la plateforme GISAID avaient été publiées prématurément par le personnel du GISAID avant la publication de l’article et à l’insu de notre équipe. En apprenant cela, le personnel de notre équipe a appelé la plateforme GISAID pour confirmer la situation. On nous a dit que la publication était une erreur du personnel du GISAID. Sur ce, la plateforme a fermé la fonction de partage de données mais les données sont restées sur la plateforme. Ni notre équipe ni la plateforme n’ont supprimé les données, et les liens d’accès aux données pour la revue des revues ont toujours été là.
La dernière version de notre article a été publiée en ligne dans Nature le 5 avril, et toutes les données originales ont été publiées simultanément dans quatre bases de données internationales et nationales.
GT : quelles sont les principales conclusions de l’article ? Y a-t-il eu de nouvelles découvertes ou du contenu qui contribue à l’identification des origines du virus ?
Liu : Le séquençage nucléique et génétique de 1 380 échantillons d’animaux environnementaux et congelés collectés sur le marché de Huanan de janvier à mars 2020 a montré que les 457 échantillons d’animaux collectés sur le marché étaient négatifs pour le COVID-19. Et 73 des 923 échantillons environnementaux étaient positifs pour COVID-19, avec trois souches du virus isolées. Les résultats du séquençage ont montré que le génome était homologue à 99,9 à 100 % au génome des premiers cas, ce qui suggère que ces souches de virus provenaient de patients infectés par le COVID-19.
Le séquençage des gènes d’échantillons environnementaux a montré d’abondants fragments de séquençage de gènes humains et ceux de produits courants de la chaîne du froid tels que les porcs, les vaches, les poulets et les canards vendus sur le marché, ainsi qu’un petit nombre de fragments de gènes d’animaux tels que les souris et les chats. . Cela indique une fois de plus que la présence de COVID-19 sur le marché provenait très probablement des premiers patients. Le marché de Huanan n’était qu’un site d’éclosion, pas l’origine. Les données étayent en outre le rapport de recherche des origines entrepris conjointement par l’équipe d’experts OMS-Chine.
GT : Sur la base des données que votre équipe a téléchargées sur le GISAID, certains experts internationaux sont parvenus à une conclusion différente. Pensez-vous que les différences sont dues à des méthodes d’analyse différentes ou à d’autres raisons ?
Liu : Nous ne pouvons pas exclure la possibilité que différentes méthodes d’analyse, logiciels et paramètres puissent aboutir à des résultats différents, mais le code-barres ADN a montré la plus grande abondance de gènes humains parmi les échantillons environnementaux, indiquant que la contamination sur le marché provient très probablement des premiers patients. Le code-barres ADN a également montré l’existence de plusieurs animaux, notamment des porcs, des vaches, des poulets et des canards sur le marché avant sa fermeture.
Certains experts s’inquiètent de la présence de gènes animaux présumés sensibles au COVID-19 dans les échantillons. Cependant, les données de recherche existantes ne confirment pas que les animaux sur le marché ont été infectés par le COVID-19. Même si des animaux avaient été infectés, on ne peut exclure que la transmission interhumaine se soit produite après l’infection humaine. Étant donné que notre période d’échantillonnage était en janvier 2020, plus tard que le moment où les cas de COVID-19 ont été signalés, nous pensons que le virus était susceptible d’être entré sur le marché par le biais d’infections humaines ou de produits de la chaîne du froid, et la base scientifique de la soi- appelée transmission de l’animal à l’homme sur le marché est évidemment insuffisante.
GT : Certains médias ont déclaré que les données téléchargées sur GISAID auraient dû être partagées plus tôt. Pourquoi l’équipe d’experts n’a-t-elle pas partagé ces données auparavant et y en a-t-il d’autres qui attendent encore d’être partagées ?
Liu : Depuis l’épidémie de COVID-19, les scientifiques chinois ont effectué de nombreux travaux de manière ouverte, transparente et responsable pour retracer les origines du COVID-19 et les partager en temps opportun. Par exemple, aux premiers stades de l’épidémie, la séquence complète du génome du coronavirus a été téléchargée sur la plate-forme de base de données GISAID, et des enquêtes épidémiologiques sur les premiers cas ont également été publiées dans le New England Journal of Medicine (NEJM).
Début 2020, des experts du CDC chinois avaient collecté des échantillons environnementaux et animaux sur le marché, qui montraient que tous les échantillons animaux étaient négatifs et 73 échantillons environnementaux étaient positifs. Le séquençage des gènes du virus a montré qu’ils sont hautement homologues à celui des premiers cas. Les résultats ont indiqué que le virus existait dans l’environnement à cause de la contamination des premiers cas et que le marché était un site d’éclosion aux premiers stades de la propagation du virus.
Toutes les données dont nous disposions à ce moment-là ont été communiquées à l’équipe conjointe d’experts en recherche des origines de l’OMS entre juillet 2020 et janvier 2021 et elles ont été pleinement discutées entre experts.
L’équipe d’experts avait également visité le marché en janvier 2021. Ils ont reconnu la fiabilité et l’importance des méthodes d’échantillonnage et de test, ainsi que celle des données et des résultats, et ont inclus les résultats dans le rapport de recherche des origines de phase I de l’OMS. .
Le rapport suggère que davantage d’enquêtes doivent être entreprises, y compris le code-barres ADN des échantillons provenant du marché de Huanan. Sur la base de ces suggestions, des experts chinois ont mené des recherches pertinentes qui ont montré que le code-barres ADN n’a fourni aucune nouvelle preuve directe sur le traçage des origines et a prouvé que la conclusion précédente du rapport conjoint OMS-Chine sur le traçage des origines était scientifique et objective.
En février 2022, les experts du CDC chinois ont soumis les données du marché de Huanan à Nature pour examen par les pairs, alors qu’elles ont également été rendues publiques via la plateforme internationale de préimpression et téléchargées sur GISAID conformément aux pratiques internationales. À l’heure actuelle, des données pertinentes ont été publiées dans quatre bases de données nationales et étrangères, et l’article a été officiellement publié dans Nature.
Après le rapport conjoint de la phase I, les scientifiques chinois avaient effectué de nombreux travaux relatifs à la recherche des origines et les recherches avaient été publiées en temps opportun. Des tests sérologiques sur des donneurs de sang à Wuhan au second semestre 2019 ont été publiés dans la revue Protein and Cell. Une étude des profils viraux de plus de 17 000 chauves-souris en Chine, publiée dans la revue National Science Review, n’a pas trouvé la séquence du nouveau coronavirus ou de ses coronavirus apparentés.
GT : Avez-vous des commentaires sur le document récemment publié par le CDC chinois ?
Qian : Aucune preuve directe ne peut prouver les origines authentiques de COVID-19, et la propagation du virus des chauves-souris à d’autres animaux, puis des animaux aux humains est considérée comme l’une des hypothèses d’origine possibles, mais exactement où, quand et comment le processus s’est produit n’est pas encore clair.
Tous les échantillons d’animaux collectés sur le marché comme l’article mentionné étaient négatifs, et seuls certains échantillons environnementaux ont été testés positifs, ce qui provenait très probablement de la contamination de cas humains de COVID. Les données de l’article soutiennent l’idée que le marché de Huanan n’a peut-être été qu’un amplificateur de la transmission du COVID-19, plutôt que le lieu d’origine du COVID-19.
Les experts chinois ont travaillé très dur pour étudier les origines du COVID-19, ce qui est une tâche extrêmement difficile. Récemment, plusieurs pays ont également découvert des coronavirus de chauve-souris partageant une homologie très élevée dans la séquence du génome du virus avec le SRAS-CoV-2, indiquant l’importance de la coopération entre les pays pour retracer les origines du virus. Actuellement, le lieu exact de la transmission zoonotique du virus à l’homme reste inconnu et nécessite une étude plus approfondie.
GT : Certains responsables de l’OMS ont supposé le manque de transparence du gouvernement chinois sur les données liées au COVID-19 et ont affirmé que cela pouvait avoir affecté le traçage des origines mondiales. Quelle est votre opinion à ce sujet et y a-t-il eu des difficultés à retracer les origines?
Qian : Autant que je sache, les données référencées dans le document avaient en fait été largement incluses dans le rapport conjoint OMS-Chine en 2021 et le rapport pertinent peut être trouvé en ligne. Les chercheurs en Chine ont travaillé très dur pour retracer les origines et ont continué à travailler en étroite collaboration avec de nombreux experts internationaux.
Mais retracer les origines des virus est une tâche extrêmement difficile et complexe. L’épidémie de VIH a commencé dans les années 1970, mais ses origines zoonotiques n’ont été identifiées qu’en 2014 et le virus a fait son entrée chez l’homme vers 1920. Le virus Ebola a été découvert dans les années 1970, mais on ne sait toujours pas exactement comment il a commencé. Les endroits où des épidémies se sont produites n’étaient souvent pas l’endroit où le virus est originaire, comme la grippe de 1918, le VIH, etc. Des coronavirus de chauve-souris très similaires au COVID-19 ont été trouvés dans de nombreux endroits du monde et le traçage des origines nécessite une coopération étroite entre différents pays et régions.
GT : Certains médias ont affirmé que le rapport conjoint OMS-Chine sur le traçage des origines du COVID-19 avait été largement critiqué en raison du manque de données originales sur les premiers cas en provenance de Chine. Quelle est votre opinion là-dessus?
Qian : J’ai remarqué l’article d’opinion dans Science mentionnant ces points de vue, mais d’après ce que j’ai appris, les données ont été partagées avec l’équipe de l’OMS lors de l’enquête conjointe OMS-Chine. Les principales conclusions du rapport conjoint OMS-Chine sont que l’origine de la pandémie en laboratoire était considérée comme « extrêmement improbable » et que le passage des chauves-souris aux humains à partir d’une espèce intermédiaire était « très probable ». Ceux-ci sont largement considérés comme un consensus parmi les experts traditionnels dans le domaine de la virologie.
Je pense personnellement que les résultats de la recherche des origines de la phase I et le professionnalisme et la réputation internationale des membres du panel et de l’OMS doivent être pleinement respectés. Retracer les origines du virus est une tâche extrêmement difficile et professionnelle. Nous espérons que les experts nationaux et étrangers pourront travailler ensemble pour résoudre ce problème dès que possible.
